El catedrático de la Universidad de Extremadura y director de la Cátedra de Recursos Cinegéticos de la Universidad de Córdoba, Juan Carranza, junto a otros investigadores, en el año 2016 publicaron el artículo científico "Iberian red deer: paraphyletic nature al mtDNA but nuclear markers support its genetic identity" en la revista Ecology and Evolution. Sus autores analizaron el ADN mitocondrial y nuclear de 682 ejemplares de todas las principales poblaciones de ciervo (Cervus elaphus) de España y del resto de Europa occidental. Gracias al análisis del ADN mitocondrial, detectaron dos linajes que divergieron hace unos 109.000 años, durante el período glaciar de Würm, cuando dos poblaciones debieron quedar aisladas en dos refugios glaciales diferentes dentro de la Península Ibérica y el sur de Francia. Uno de los linajes, el de Extremadura, permaneció bastante tiempo aislado hasta la actualidad. El otro linaje, hoy en el centro y sur de España, se extendió hacia el norte hasta Escocia y Escandinavia, a través de las tierras emergidas que mantenían la conexión con el resto del continente tras el último máximo glaciar, hace unos 20.000 años. Desde entonces se han generado poblaciones que se identifican como correspondientes a subespecies distintas (C. e. scoticus, C. e. atlanticus y otras). Sin embargo, los rasgos morfológicos, anatómicos y etológicos de ambos linajes ibéricos son muy homogéneos, por lo que se les incluye dentro de una misma subespecie: el ciervo ibérico (C. e. hispanicus). En la fotografía, un macho fotografiado en Sierra Morena, en concreto, en el municipio de Andújar (Jaén) el 3 de abril de 2015.
El análisis del ADN nuclear revela una mayor diferencia entre el ciervo ibérico y cualquiera de las otras subespecies europeas que entre los dos linajes del ciervo ibérico. Esas poblaciones del resto de Europa se han diferenciado tras adaptarse evolutivamente a condiciones ecológicas muy diferentes, que deben haber provocado procesos de selección, cuellos de botella poblacionales y deriva genética. En definitiva, aunque los dos linajes del ciervo ibérico permanecieron aislados entre sí durante largo tiempo según el análisis del ADN mitocondrial, el análisis del ADN nuclear respalda genéticamente las diferentes subespecies descritas atendiendo a los rasgos morfológicos, anatómicos y etológicos. Tomé esta fotografía de un macho cerca de Villareal de San Carlos, municipio de Serradilla (Cáceres) el 30 de marzo de 2013.
Estos resultados apoyan la existencia de dos linajes maternos crípticos de ciervo ibérico que precedieron al último máximo glacial y que se han mantenido geográficamente bien diferenciados hasta la actualidad. Las relaciones entre los haplotipos muestran que sólo uno de ellos contribuyó a la recolonización postglacial hacia el resto de Europa tras la última glaciación. Sin embargo, las frecuencias de los alelos de los marcadores nucleares evidencian una diferenciación principal entre la subespecie ibérica y las del resto de Europa, y a la vez, apoyan la existencia de esas dos líneas maternas dentro de la península Ibérica. Por lo tanto, los resultados de estos autores revelan una naturaleza parafilética del ciervo ibérico, pero también su identidad genética y la diferenciación con respecto al resto de subespecies europeas. Por último, sugieren que el mantenimiento de la singularidad del ciervo ibérico requiere que no se introduzcan ejemplares procedentes del resto de Europa, así como evitar traslocaciones de ejemplares entre las poblaciones de esos dos linajes ibéricos con el objetivo de conservarlos. En la fotografía, un macho junto al cortijo del Coto del Valle, municipio de Cazorla (Jaén) el 20 de julio de 2011.
